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杭州Java软件开发人员外包费用会受到多种因素的影响，如人员技术水平、项目需求复杂度、项目周期等。一般来说，外包费用由以下几个方面组成：

人才成本：包括开发人员的工资、社保公积金、福利待遇等。这部分费用通常占到报价的80%左右。

经营成本：包括招聘成本、管理成本、场地成本、辞退员工赔偿风险成本、发票成本等。这部分费用通常占到报价的15%左右。

利润：外包公司需要获取一定的利润来维持运营。不同公司的利润率可能会有所不同。

关于加班费的计算，通常情况下，加班费是按照项目合同中约定的方式进行计算。有以下几种常见的计算方式：

按小时计算：根据项目合同约定的工作小时数，超过正常工作小时数部分按照一定比例计算加班费。

按项目进度计算：根据项目完成的阶段和合同约定的奖金分配方式，按照项目进度支付加班费。

按绩效计算：根据开发人员的绩效表现，按照一定比例分配加班费。

需要注意的是，在签订合同前，务必与外包公司明确约定加班费的计算方式和标准，以避免在项目执行过程中出现纠纷。

综上所述，杭州Java软件开发人员外包费用由人才成本、经营成本和利润组成，具体费用需要根据项目需求、人员技术水平等因素进行评估。加班费的计算方式通常在项目合同中进行约定，需要与外包公司在签订合同前明确约定。